外科・消化器科・肛門科では、食道、胃・十二指腸、大腸（結腸・直腸）などの消化管や肝臓・胆嚢・膵臓などの消化器疾患、痔瘻・痔核・脱肛などの肛門疾患、そして乳腺、甲状腺、ヘルニアなどの一般外科の診療を行っています。特に手術では、患者様の体への負担を減らすため、細いカメラを体内に挿しモニタ画面を見ながら手術を行う「 腹腔鏡下手術」を積極的に取り入れ、胆石症、胃癌および大腸癌の手術治療で大きな成果をあげています。また、外科手術だけでなく内視鏡的治療にも力を入れており、早期食道癌、早期胃癌、早期大腸癌に対し、外科手術を行うことなく、胃内視鏡や大腸内視鏡を用いた癌の切除（粘膜切除術および粘膜下層剥離術）を行っています。進行癌に対しては積極的に抗がん剤による治療を施行し延命をはかっています。また、2008年4月より最新鋭放射線治療機を導入し、手術・抗がん剤・放射線治療を組み合わせたがんの集学的治療を施行しています。胃内視鏡検査・大腸内視鏡検査・超音波検査も随時実施し、症状に応じて適切な検査が施行できるようにしています。胸やけ、腹痛、下痢・便秘などの腹部症状や痔出血などでお困りの方は、お気軽に外科・消化器科・肛門科を受診してください。

外科・消化器科・肛門科は、現在６名の医師で診療を行っています（詳細はスタッフ紹介をご参照ください）。また、宮崎大学医学部附属病院の関連研修指定病院のひとつとして次世代の医療を担う若手医師の研修・指導も行っています。外科・消化器科・肛門科の本格稼動は2004年10月からですが、以下の表に2005年1月から2007年12月までの手術症例数、内視鏡検査・治療の症例数を示します。症例数の増加に伴い2007年１月より日本外科学会外科専門医制度修練施設、2007年10月より日本がん治療認定医機構認定研修施設、また2007年12月より日本内視鏡学会指導施設に認定されています。